生物表面活性剂与化学表面活性剂相比，具有生物可降解性、低毒性和通过微生物发酵生产简单等优点，在赤潮治理中具有广泛的应用前景。在铜绿假单胞菌培养时产生的鼠李糖脂类生物表面活性剂，具有较强的抑菌活性。在1.0-3. 0mg/L浓度下，对延滞期东海原甲藻的生长有明显抑制作用。对处于指数期藻细胞期间，当加入鼠李糖脂的浓度为15.0，20.0mg/L时，2.25h后显微镜下观察时，已经有碎藻出现。5.25h后绝大多数藻细胞已破碎，未破碎的藻细胞也均变为圆球形或仅剩下空腔。10.25h后已经观察不到藻细胞。

生物方法具有快速吸收营养盐的能力，收获时可将营养盐带出，降低水中富营养化程度。有报道栽培大型海藻是吸收、利用营养物质、防治富营养化的有效措施之一。

ZHOU等利用石莼、江蓠、昆布属海藻等与鱼、虾、贝等养殖生物进行混养，可有效地降低水体中的营养物质浓度，减少赤潮爆发的可能性；张善东等研究结果显示，龙须菜使得共培养体系中营养盐迅速降低。从120 h开始，藻细胞密度开始持续下降，最终完全消亡。而东海原甲藻对于龙须菜的生长不构成明显的影响。1g鲜重的龙须菜对NO-３和对PO４３-的吸收能力分别相当于6.0× 107、2.4× 107个东海原甲藻细胞。在起始密度为10 g /L和20 g/L，海洋原甲藻的细胞数量在实验进行6d后呈下降趋势，赤潮异弯藻在实验进行6d后接近全部死亡。

利用化感作用控制藻类生长被认为是一种新兴、高效、安全的抑藻方法。小麦秸、凤眼莲根系、杉木粉等均可分泌产生某些化感物质，抑制赤潮藻类的生长。

在N-营养盐限制下，塔玛亚历山大藻溶血毒素对东海原甲藻生长的抑制作用最明显；其次为Fe-、P-限制条件。富营养条件下的影响相对较弱，这与营养盐限制条件下培养液的溶血活性大小一致，存在一定相关性。

凤眼莲根中含有一定量的亚油酸、N-苯基-2-萘胺和大量的长链脂肪酸（十六酸、9-十六碳烯酸等）。结果显示，1.5g/L以上的凤眼莲根粉末可完全抑制东海原甲藻的生长。浓度0.019g/L的凤眼莲根丙酮提取物对东海原甲藻可产生50％的抑制率。N-苯基- 2-萘胺浓度为l mg/L时，第6d对东海原甲藻的抑制率超过60％。浓度50 µ g/L时，亚油酸对东海原甲藻的抑制率超过80%。