生物表面活性剂在工农业、医药卫生和环境保护等诸多方面均有广泛的用途。它具有生物降解和低度毒性等特点。但迄今为止，就经济效益而论，尚无法与市场上人工合成的化学产品相抗衡，为此还需做大量工作。
1）亟需改进微生物表面活性剂的生产工艺，降低生产成本。
2）加强菌种的遗传学研究，通过基因工程重组菌株，生产更有效的表面活性剂。
3）进行全面的毒理学实验，以策安全。
生物表面活性剂在化妆品工业也具有极大的吸引力。浓度为1mol/L槐树糖脂的产品就具有良好的皮肤亲和性，可用作一种皮肤保湿剂。槐树糖脂已被日本kao有限公司作为一种保湿剂用于化妆品，商品名为sofina，该公司已研究出生产槐树糖脂的发酵工艺流程，在经过两步脂化处理，这种产品可用于口红、皮肤和头发的保湿剂。
生物表面活性剂还可用于纸浆及造纸业、纺织业、陶瓷业和铀矿加工。Pellerin等成功地将Macrocystis pyrifera和棕色固氮菌（Azotobacter vinelandii）产的杂多糖作为分散剂，应用于陶瓷工业中。
醋酸钙不动杆菌A2产生的多聚体表面活性剂应用于涂料工业中。生物表面活性剂存在时，颗粒沉降速度变慢，悬浊液的制备变得很容易，这一点对涂料是非常有用的，因为它增加了涂料的扩散能力，提高了混合性能。
前苏联合成纤维研究所发现一种假丝酵母产生的表面活性剂可应用于纺织、制药和化妆品业。Bengmark提出生物表面活性剂可应用于营养免疫品中。
Mulligan等将生物表面活性剂用作泥炭脱水剂，在压挤泥炭前加入表面活性剂，可以提高脱水率。
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